مجله آبخوان مقالات تحقیقی در زمینه‌های مرتبط با رشته‌های مهندسی آبیاری و آبادانی, هواشناسی و موضوعات بین رشته ای را که به زبان فارسی نوشته شده باشد و برای اولین بار منتشر می‌شود، از کلیه کشورها می‌پذیرد. رعایت دقیق راهنمای زیر در تدوین مقاله به عنوان یکی از شرایط قرار گیری آن در فرآیند داوری محسوب می‌شود.
قلم فارسی نازنین 12 و قلم لاتین تایمز نیو رومن 10 انتخاب شود. نام نگارنده و یا نگارندگان مورد استناد و نام‌های خاص به زبان انگلیسی نوشته می‌شود. در مورد سایر نام‌ها و اصطلاحات خارجی ابتدا معادل فارسی (در صورت وجود) ذکر می‌شود و صورت خارجی آن در پرانتز قرار می‌گیرد. مقاله باید با نرم‌افزار MS word 2003 حروف چینی شده و با رعایت کلیه موارد ذکر شده در این راهنما از 12 صفحه تجاوز نکند. فایل اصلی مقاله فقط به صورت doc آپلود شود. تمام جداول وتصاویر در فایل اصلی مقاله و درون متن قرار گیرد. همچنین لازم است مقاله حتما در فایل template زیر و طبق تنظیمان آن ارسال گردد. در فایل اصلی مقاله نباید نام نویسندگان ذکر شود. نام و سمت نویسندگان هم به صورت فارسی و هم به صورت انگلیسی در قالب فایل مشخصات نویسندگان فقط ارسال گردد.
ترتیب قسمت‌ها و اصول کلی
تیتر‌های اصلی مقاله به ترتیب عبارت خواهند بود از: عنوان، چکیده، مقدمه، مواد و روش‌ها (یا روش انجام تحقیق)، نتایج و بحث، نتیجه‌گیری کلی، سپاسگزاری (اختیاری)، نمادها، منابع، و ضمائم (در صورت ضرورت). برای قالب بندی تیترها از تیتربندی استاندارد MS word 2003 و حداکثر تا سه سطح استفاده شود. در موارد خاص (مانند اسامی علمی گونه‌ها) از قلم ایرانیک (Italic) استفاده شود. در انتهای مقاله، عنوان، چکیده و واژه‌های کلیدی به زبان انگلیسی قرار می‌گیرد. اسامی کامل نگارندگان، مرتبه علمی و محل اشتغال به همان صورتی که در مقاله باید ظاهر شود به زبان فارسی و انگلیسی روی صفحه جداگانه‌ای تهیه و به همراه مقاله ارسال می‌شود. نام و محل خدمت نگارنده (گان) فقط در این برگ نوشته می‌شود و باید حامل امضای تمام نگارندگان باشد. ضمنا آدرس پستی کامل مکاتبه‌کننده مقاله، همراه با شماره تلفن (ترجیحا تلفن همراه)، نمابر و آدرس پست الکترونیک در این صفحه نیز قید می‌شود.
عنوان مقاله باید کوتاه و گویای موضوع تحقیق بوده و از 15 کلمه تجاوز ننماید. عنوان باید بالای صفحه چکیده ذکر گردد.
چکیده فارسی و واژه‌های کلیدی
چکیده باید به صورت مجموعه‌ای فشرده و گویا از مقاله با تاکید بر روش کار و نتایج و بدون اشاره به فرمول، شکل یا مرجع تنظیم شده باشد و تعداد کلمات آن نباید از 150 کلمه تجاوز نماید. پس از چکیده، بین سه تا پنج کلمه به عنوان واژه‌های کلیدی (واژه‌هایی که در عنوان تکرار نشده باشند) گنجانده شود.
مقدمه باید شامل معرفی موضوع پژوهش و ضرورت انجام آن بوده و در آن به پیشینه پژوهش‌های مرتبط ارجاع و در بخش پایانی هدف از انجام پژوهش به وضوح قید گردد.
در این قسمت باید به شرح مواد مورد استفاده و روش‌های به‌کار رفته در پژوهش پرداخت. از ذکر کامل روش‌های اقتباس شده خودداری و تنها به ارائه اصول و ذکر منبع اکتفا گردد.
نتایج تحقیق در قالب متن، جداول, نمودارها و تصاویر ارائه می‌شود. اطلاعات نباید در قالب جدول و نمودار تکرار شود. در تنطیم جداول نباید از خطوط افقی و عمودی استفاده کرد مگر در بالا و پایین سطر اول جدول و پایین آخرین سطر آن. هر ستون جدول باید دارای عنوان و واحد مربوط باشد. توضیحات اضافی عنوان و متن جدول با استفاده از نماد ستاره (*) در بالا و سمت چپ جمله یا عدد مورد نظر و توضیح در پانوشت جدول با اندازه قلم مشخص می‌شود. عنوان جدول در بالای آن قرار می‌گیرد و با کلمه جدول، شماره آن و خط تیره شروع می‌شود. شکل‌ها شامل تصاویر و کارهای ترسیمی است و باید دارای وضوح و خوانایی مطلوب باشند. عرض شکل‌ها نباید از 5/7 سانتی‌متر (برای چاپ در یک ستون) تجاوز کند و اگر اندازه شکل به گونه‌ای باشد که چاپ آن در یک ستون کیفیت را تحت تاثیر قرار دهد عرض آن می‌تواند تا حداکثر 16 سانتی‌متر در نظر گرفته شود. شکل‌ها حتی الامکان با MS Excel تهیه شوند و فایل‌های شکل‌ها به همراه فایل مقاله به دفتر مجله تحویل داده شود. اندازه قلم در شکل‌ها باید بین pt 8 تا pt10 باشد. عنوان تصاویر و نمودارها در پایین آن قرار می‌گیرد و با کلمه شکل، شماره آن و خط تیره شروع می‌شود. روابط باید شماره‌گذاری شوند و ارجاع به جداول، شکل‌ها، و روابط در متن با شماره مورد یاد شده داخل پرانتز صورت می‌گیرد. نتایج ذکر شده را باید با بحث‌های متناسب همراه نمود و یافته‌های پژوهش باید با استناد به یافته‌های مشابه سایر پژوهشگران مورد مقایسه و ارزیابی قرار گیرند.
در این بخش نتیجه گیری کلی از مقاله در حد یک تا دو بند ارائه می‌شود. این بخش باید مستقل و بدون نیاز به مراجعه به سایر بخش‌های مقاله و منعکس کننده مهم‌ترین یافته‌ها باشد.
از افراد خاص، سازمان‌ها و یا مؤسسات پژوهشی با ذکر دلیل، حداکثر در چهار سطر، می‌توان سپاسگزاری نمود.
نمادهای به کار رفته در روابط, شکل‌ها و جداول مقاله باید تعریف شده و به ترتیب حروف الفبای انگلیسی و سپس الفبای لاتین مرتب سازی شوند.
عنوان مقاله و چکیده (Abstract) به زبان انگلیسی، باید متناظر با چکیده فارسی باشد. پس از چکیده، بین سه تا پنج کلمه به عنوان واژه‌های کلیدی (Keywords) (واژه‌هایی که در عنوان تکرار نشده باشند) گنجانده شود.
کلیه منابع مورد استفاده اعم از فارسی و لاتین در پایان مقاله به زبان انگلیسی برگردانده و به ترتیب حروف الفبای نام خانوادگی اولین نگارنده مرتب می‌شوند. در انتهای منابع فارسی عبارت (In Farsi) قید می‌شود. در برگردان منابع فارسی نام منابع و نام نویسندگان باید از خود مجلات اخذ شود و به صورت ترجمه دلخواه انجام نشود. در ارجاع به منابع باید تا جای ممکن از نام بردن افراد در شروع جمله خودداری و منابع در انتهای جمله و در پرانتز ارائه شوند مانند (Mohsenin, 1986). برای جداسازی منابع در انتهای جمله از ویرگول نقطه ";" استفاده می‌شود مانند(Smith, 1999; Samuel et al., 2008; Smith and Samuel, 2009). چنانچه در شروع جمله به منبعی استناد شود به صورت نام (سال) انجام می‌گیرد و اسامی فارسی نیز باید به لاتین و سال شمسی به میلادی برگردان شوند. نحوه ارجاع به منابع دارای یک نگارنده، دو نگارنده و چند نگارنده که در ابتدای جمله قرار می‌گیرند به ترتیب به صورت: Smith (1999)،Samuel and Smith (2009) و Samuel et al. (2008) انجام می‌شود. منابع با نام مکرر، از سال انتشار قدیم با اولویت به ترتیب یک نگارنده، دو نگارنده، و چند نگارنده و در صورت لزوم با در نظر گرفتن حرف اول نگارندگان دوم به بعد از قدیم به جدید مرتب می‌شوند. منابع با نام نگارندگان و سال انتشار یکسان باید با حروف a، b، c ...، پس از عدد سال در پرانتز، از هم متمایز شوند. ذکر منابع بی‌نام و غیر قابل دسترسی مجاز نمی‌باشد. روز و ماه باز خوانی یک سند در منابع الکترونیکی که صرفا در تارنماها موجودند باید در تنظیم آن سند قید گردد مانند Retrieved September 3. نام مجلات علمی باید به صورت کامل و با قلم ایرانیک (Italic) ذکر شوند. نام کتاب، عنوان پروژه‌ها و مقالات غیر از مجلات علمی نیز با قلم ایرانیک ذکر می‌شوند. تنها، حرف اول عنوان و زیرشاخه‌های عنوان، بزرگ و بقیه حروف کوچک نوشته می‌شوند. چگونگی تنظیم اسناد در نمونه مثال‌های زیر ارائه شده است:
Sonntag, R. E., Borgnakke, C. and Van Wylen, G. J. (2003) Fundamentals of thermodynamics (6th ed.). New York: Wiley
Badger, P. C. (1999) Solid fuels. In O. Kitani (Ed.), CIGR handbook of agricultural engineering: Energy and biomass engineering (Vol. 5). (pp. 248-288). St Joseph, MI: ASAE.
Mohammadzadeh, J. and Ahmadi, M. R. (2008). Optimization of olive oil extraction to enhance efficiency and quality. Journal of Agricultural Engineering Research, 9(2), 113-126. (In Farsi)
نمونه تنظیم یک مقاله در مجله برخط (On-line)
Tavakoli H., Rajabipour A. and Mohtasebi S. S. (2009) Moisture-dependent some engineering properties of soybean grains. Agricultural Engineering International: the CIGR Ejournal. Manuscript 1110, Retrieved May 10, 2009, from http://www.cigrjournal.org/index.php/Ejournal
نمونه تنظیم یک سند از تارنمای (Web site) یک دانشگاه یا اداره دولتی همراه با نام نگارنده
Edwards, W. (2002 April). Farm machinery selection. Retrieved September 3, 2008, Iowa State University, University Extension, from http://www.extension.iastate.edu/Publications
نمونه تنظیم یک سند از تارنمای (Web site) یک دانشگاه یا اداره دولتی بدون نام نگارنده
Food and Agriculture Organization. (2000). Biodiversity: Agricultural biodiversity in FAO. Retrieved January 12, 2009, from http://www.fao.org/biodiversity.
نمونه تنظیم سند یک رساله دکتری
Jeong, J. (2009). A practical theory of micro-solar power sensor networks. Ph. D. dissertation, University of California, Berkeley.
نمونه تنظیم یک سند از یک کنفرانس
Mohammadi, A., Rafiee, S., Keyhani, A. and Emam-Djomeh, Z. (2008). Mathematical modeling of drying characteristics of kiwifruit slice (cv. Hayward). In: Proceedings of 10th International Congress on Mechanization and Energy in Agriculture, 14-17 Oct., AkdenizUniversity, Antalya, Turkey, pp. 853-858.